Struwe và ctv. (1995) cho rằng họ Loganiaceae, thậm chí ngay cả khi được định nghĩa hẹp, là cực kỳ cận ngành, với các nhánh bao gồm khoảng 1.300 chi và 15.500 loài (các họ Rubiaceae, Gentianaceae, Apocynaceae + Asclepiadaceae) xuất hiện từ trong họ này; chúng cũng phân định các họ một cách tương ứng. B. Bremer (1996), Potgeiter và ctv (2000), Backlund và ctv. (2000) lại cho rằng có mối quan hệ khác hẳn - họ Rubiaceae là chị em với Loganiaceae, Gentianaceae, Gelsemiaceae và Apocynaceae và quan hệ giữa 4 họ sau là không rõ ràng. M. Endress và ctv. (1996) lại tìm thấy mối quan hệ Gelsemiaciaceae [[Strychnaceae + Geniostomaceae - hỗ trợ tốt] Apocynaceae], và điều này cũng được hỗ trợ trong các phân tích của B. Bremer và Struwe (1992). Trong các phân tích khác, như trong cây phát sinh dưới đây, có sự hỗ trợ yếu cho mối quan hệ giữa Gelsemiaceae và Apocynaceae (Backlund et al. 2000; Jiao & Li 2007; B. Bremer 1999; Rova et al. 2002), trong khi Soltis et al. (2011: lấy mẫu) phát hiện một vài hỗ trợ cho cặp chị em [Gentianaceae + Apocynaceae].

Biểu đồ chỉ ra mối quan hệ phát sinh chủng loài của bộ Long đởm với các bộ khác trong nhánh Cúc như sau:

Biểu đồ chỉ ra mối quan hệ phát sinh chủng loài trong phạm vi bộ Long đởm như sau: